Berikutnya, Madrasah Jabal Fuqoro’ ila Rahmatillah Mendirikan Tingkat Tsanawiyah pada 03 Dzul-qa’dah 1412 H | hari Rabu 06 Mei 1992 M yang mana tingkat Tsanawiyah ini sebagai lanjutan dari Murid yang sudah Lulus dari tingkat Ibtidaiyah yang dimaksudkan untuk mencetak kader Guru diniyah.
Sedangkan Madrasah Jabal Fuqoro’ ila Rahmatillah Tingkat Aliyah didirikan pada tahun 1425 H |2005 M.
Selain empat tingkat tersebut, Madrasah Jabal Fuqoro’ ila Rahmatillah juga memiliki jenjang pendidikan yang disebut Tarbiyah I’dadiyah di Resmikan pada tanggal 15 Syawal 1435 | Senin 11 Agustus 2014, adalah pendidikan khusus bagi santri baru dan/atau murid Kelas III Ibtidaiyah, Program ini dilaksanakan secara klasikal dengan menggunakan metode al-Miftah lil Ulum Pondok Pesantren Sidogiri yang mana target pendidikan di Tarbiyah Idadiyah adalah Bisa membaca Kitab Fathul Qorib dengan dalil Nahwu-Shorrof dan matan Taqrib.
